萨迦派中的“萨迦” （sa-skya）藏语意为灰白色的土地。因北宋熙宁六年（1073）昆?衮却杰波（1034一1102年）在后藏萨迦县萨迦寺弘法，故名。萨迦派有血统、法统两支传承。元代以后，萨迦派内又出现俄尔、贡噶、察尔3个支派。此外，萨迦派的重要寺院还有四川德格的贡钦寺，青海玉树的结古寺、称多县的示藏寺，西藏林周的那烂陀寺，今锡金境内的结蔡寺等。

萨迦派采用款氏家族世代相传的传承方法。代表人物有萨迦五祖。初祖贡噶宁波（1102？一1158）、二祖索南孜摩（1142一1182）、三祖扎巴坚赞（1147一1216）、四祖萨迦班智达?贡噶坚赞（1182一1251）、五祖八思巴?洛追坚赞（1235一1280，萨迦班智达侄子）。1244年，萨迦班智达应蒙古皇子阔端邀请赴凉州会谈，为元朝统一西藏作出了重要贡献。后来，八思巴被元世祖忽必烈封为国师、帝师，领总制院事，管理西藏地方政教事务。1267年西藏建立萨迦派政教合一地方政权，在元中央王朝的支持下，萨迦派势力大增，其寺院及势力波及到康区和安多各地，对元朝皇室亦有重大影响。与此同时，萨迦派内部的矛盾亦逐渐发展，1324萨迦寺分成细脱、仁钦岗、拉康、都却4个拉章，各领属民、土地。1351年，萨迦派在西藏的掌权地位被帕竹噶举派的大司徒绛曲坚赞取代，萨迦势力日渐衰落。明成祖时，封萨迦首领为大乘法王，萨迦派仅保有萨迦附近一小片领地，其首领称萨迦法王。明朝中期，其他3个拉章传承断绝，都却拉章则再分为彭措颇章和卓玛颇章两房，延续至今，萨迦法王由两房的长子轮流担任。现今的萨迦法王在美国居住。

萨迦派在显教方面注重经论的翻译及辩经。显宗方面有两个传承，一个倡导唯识见，传授法相学；一个主张诸法性空，传教中观应成学说。密教方面有萨迦十三金法（《十三种不越外围之金法》）， “道果法”是最独特的教法。 “道果”法认为，修习佛法有三个层次。第一个层次是舍去“非福”（“恶业”、做坏事）。专心于行善，来生即可投生三善趣之中。第二层次是断灭“我执”（“我执”指执于一切有形或无形的事物）。“我执”一断灭，烦恼苦痛便无从生起，人也可从流转轮回的痛苦中得以解脱。第三层次便是除去“一切见”。一切见指“断见” （指片面解释“宇宙万物皆非实有” ）和“常见”（指一般人的见解）。萨迦派认为，要防止“断见”、“常见”，走中道，这样才能达到智者的境界。

萨迦派对藏族文化的发展有重要贡献，元代帝师达玛巴拉在北京召集藏、汉、印度、北庭名僧用梵文原本对勘藏汉文佛教大藏经典，历时3年撰成《至元法宝勘同总录》。这为《藏文大藏经》的编定和刻印打下了基础。萨迦寺至今仍是藏传佛教中藏书最为丰富的一座寺院。