公元7世纪，佛教从唐朝和印度等地传入西藏。经过长期的发展，形成了即保持佛教的基本教义，有具有浓郁藏族特色和地方特色的"藏传佛教"，俗称"喇嘛教"。藏传佛教的发展史上先后形成众多教派，目前主要有四大派，即格鲁派（俗称黄教）、宁玛派（俗称红教）、萨迦派（俗称花教）、噶举派（俗称白教）。

扎如寺位于九寨沟自然保护区扎如沟宝镜崖下，据藏文史籍记载，距今已有一千余年的历史。藏语全称叫“然悟贡巴扎西彭措岭”，简称“然悟贡巴”。由于该寺地处扎如沟内，因此汉语称为“扎如寺”

扎如寺属藏传佛教的“苯波”教，历史上属“奔卡拉康”。由21世奔卡旦增建参活佛在西藏麦日一位堪布的指点下，于公元1573年迁移到扎如沟的宝镜崖下。经过历代奔卡对寺院的改建和扩建，到50年代，寺院形成了较大的规模：寺院占地面积15200平方米，拥有大小经堂多座，茶房、库房、客房、藏经房各一座，僧房六十余座。重要法器、文物、佛祖塑像、佛经等财物价值上亿元。有僧侣129人，活佛2人，信教村寨、四十多个，信教群众六千余人。1956年阿坝州藏区发生的叛乱使寺院的房屋和主要文物法器遭到严重破坏。1986年，四川宗教局负责人对扎如寺的情况做了详细调查后，同意恢复扎如寺。国家拨款一部分，加上群众的捐款捐物，扎如寺才得以逐渐恢复。经过重建恢复的扎如寺现已处具规模：占地面积14510平方米，寺院现有活佛1人，僧侣61人。寺院每年举行4次佛教活动，分别是：第一次是“良美都钦”，举行时间为正月初三至初六；第二次是“麻艺助钦”，举行时间是四月初七至十六日；第三次是“郎幺东确”，举行时间是五月十四至十六日；第四次是“顾朵”，举行时间是九月二十七至二十九日。

1995年，扎如寺纳入县以上文物保护单位。扎如寺在九寨沟生物圈保护区内，作为藏族文化遗产，寺院具有宗教、教育和文化三个功能。