高山族还保留有原始宗教的信仰和仪式。他们崇拜精灵,各地信仰的神不一,有天神、创造宇宙之神、自然神、司理神和其他精灵妖怪。祭仪有农事祭(包括开垦祭、播种祭、除草祭、收刈祭、新谷入仓会等,主要的是栗祭)、狩猎祭、渔祭、祖灵祭等。盛行巫术,其占卜方法有鸟卜、梦卜、水占、竹占、瓢占、饭占等,并有多种形式的巫术。
高山族社会是一个灵魂崇拜及祭祀盛行的社会。
灵魂,被认为充斥于宇宙万物,从浩渺苍穹的日月星辰、浮云彩霞、霹雳闪电,到辽阔大地的山川湖海、飞禽走兽、螣蛇游鱼,无不具有神秘的灵魂。在他们看来,千年古木的蓊郁葱茏,萧瑟茅芦的迎风摇曳,如同活人动作神态一样,是受某种灵魂所支配的。这种泛神论观念存在于扑朔迷离的图腾神话和图腾艺术里面,也体现于繁褥冗长的祭祀仪礼之中,例如人祖神话传说中溯源人类生于巨石、大树、蛇、虫、鸟等,排湾人在门楣窗檐以及人体上有关百步蛇与人头的的纹饰与图绘,曹人对榕树的祭礼与禁忌,都是泛神论观念的产物。
高山族一般相信人死后灵魂不灭永世长存,并在默默中保佑其子孙后代。一般称灵魂为神,对神的信仰大部分就是对祖先的崇拜。从而将祖训看成是神的旨意不敢违犯。同时还相信祖神会附托在动物身上。传说“西稀利”(小鸟,形似麻雀)和“夫伦”(毒蛇名,即百步蛇)是神灵的化身,人们不能杀害。过去,高山族中还传说“西稀利”的不同叫声,会暗示给人吉凶祸福,排湾人之后以喜爱蛇形的雕刻,据说也是为了祈求祖先保佑。对其他的自然现象、疾疫、灾害等,都认为有神在司掌。神有好坏之分,祭祀好神求降人以幸福,农业丰收,多得猎物和鱼类,并祈祷好神消除坏神所带来的各种灾害。总之,祖灵崇拜不仅渗透到高山族社会生活的各个方面,而且了深入到每个人的意识形态领域,变成人们精神生活的一种强有力的支柱。