柯尔克孜族历史上信仰萨满教的时间长达两千多年，因此萨满教世界观，萨满文化对柯尔克孜人的观念、意识、习惯、文化的影响力相当深远，相当强大。支配着柯尔克孜人思想和行动的萨满教的观念渗透于柯尔克孜人社会生活的各个方面。柯尔克孜人的生产生活、理论道德、民风民俗及其文化生活、文学艺术，均与萨满教世界观融于一体。萨满文化与柯尔克孜人的民族文化在长期的交汇融合中，逐步形成了柯尔克孜族的独特文化，这种文化对柯尔克孜人的影响是根深蒂固的。尽管现代柯尔克孜族已改信伊斯兰教，但是已经融合于柯尔克孜族文化中的萨满文化，已经习俗化了的一些萨满教仪式，仍然牢固地保留在柯尔克孜人的生活之中。

    萨满文化对柯尔克孜人的影响首先表现在意识观念中的自然崇拜。万物有灵是萨满教教义的核心。自然崇拜的对象十分广阔，上至苍天和日月星辰，下至山、水、土地、森林、树木、青草都在崇拜之列。苍天，柯尔克孜语称作“腾格里”，对腾格里的崇拜，是柯尔克孜人最古老的习俗。古代柯尔克孜人祭天、拜天、向上天祈祷的习俗十分盛行。主要表现在：一是认为人的生命是上天给的，因而在没有子嗣时，向上天祈子的现象十分普遍。如《玛纳斯》就是其父向上天求来的，赛麦太依也是考少依老人率众人为卡妮凯依向上天求来的。《玛纳斯》中的英雄之所以那样英勇无比，就因为他们是上天之子。二是向上天发誓。柯尔克孜人认为上天是主宰一切的，可给人祝福，是惩恶扬善的，因此遇事往往指着上天发誓，这种对天盟誓的形式，在《玛纳斯》中也是很常见的。英雄们发誓时常说腾格里在上，谁背弃诺言，让腾格里惩罚他。三是遇有困难，祈求上天保佑。古代柯尔克孜人出征打仗前要举行祭天仪式，祈求天神保佑；请萨满跳神治病，其实也是祈求上天保护的一种仪式。四是由于对上天的崇拜，对天上的日月星辰也同样崇拜。在柯尔克孜族神话中，人是上天创造的，而天神创造的第一人就是“阿依阿达”，即月亮父亲。为此对月亮特别崇拜。平时禁忌面朝月亮出恭，如不慎违戒，则要向神灵忏悔求饶。在诺肉孜节的夜晚，当月亮升起时，草原上的人们要向月亮祈祷。以太阳、月亮以及北极星形容民族英雄，在民间文学中十分常见。在《玛纳斯》中，“英雄阿依库勒玛纳斯”（像明月和湖水一样的玛纳斯）反复出现。用月亮形容美丽尊贵的妇女形象，更是处处可见。玛纳斯的儿媳妇阿依曲莱克的名字，其意就是“像月亮一样美丽的少女”，可直译为月亮仙子。五是由于对上天的崇拜，从而对苍天一样的蓝色也产生崇拜，同时对月亮一样皎洁的白色也同样崇拜，这一切反映在柯尔克孜族生活的各个方面。

    其次是柯尔克孜人对祖先的崇拜。这种习俗起源于其长期信仰萨满教“灵魂不灭”的观念。萨满教认为，人死后灵魂脱离肉体，游荡于空间之中，一旦灵魂附体，人又可以复生。这种观念导致了祖先崇拜。柯尔克孜人的祖先崇拜，首先表现在葬仪上。古代柯尔克孜人实行土葬，并有各种各样的殉葬品。在叶尼塞河流域古柯尔克孜族人的墓葬中发现，死者的殉葬品中有牛、马匹，还随葬有各种生活用品。对祖先的崇拜还表现在对死者的祭典上。在祭典仪式上一般都要宰杀牛羊马匹，为死者准备丰盛的食物。在《玛纳斯》的“阔克托依的祭典”一节中，描写了哈萨克、柯尔克孜族人祭典最盛大的场面。这种杀牲祭祖的习俗，在今日柯尔克孜人中依然盛行。柯尔克孜族人死后一般要在3天、7天、40天、一周年时分别举行“乃孜尔”，这些“乃孜尔”都是要杀牲的。柯尔克孜族有则谚语：“如果不能让死人满意，活人也得不到安乐。”这便是柯尔克孜族人对魂灵祭祀的意义及祖先崇拜的反映，认为死后祖先仍然保佑着子孙的安乐。柯尔克孜族人相信祖先在特定的条件下可以显灵，这是祖先崇拜的最典型表现。不仅在《玛纳斯》中，就是在其他民间文学中，其后代子孙遇有危难祈求保护时，都会显灵，帮助子孙渡过难关。