上古中亚人种主要为伊兰人及操东伊朗语的印欧语裔族群中的印度─伊朗支。中亚地区既然是“文明的十字路口”，在不同的历史阶段又迎来了不同的族群，包括六世纪时入侵的突厥人、七世纪入侵的阿拉伯人和十三世纪入侵的蒙古人。突厥人在横跨欧亚大陆的突厥汗国(包括中亚)境内推行突厥语化。阿拉伯人的入侵导致了整个地区的伊斯兰化，蒙古人的后裔则成了今日中亚哈萨克及乌兹别克两国的主要族群之源。

乌兹别克族占了今日乌兹别克共和国人口的八成。哈萨克族则占了哈萨克共和国人口的六成。乌兹别克经济以农业为主；哈萨克则仍然维持草原游牧文明的特色。尽管如此，两国主体民族的族源原来其实是十分接近的。

十三世纪蒙古帝国创立时，成吉思汗的长子术赤的封地是额尔齐斯河以西的地区(即今日的哈萨克和西西伯利亚)和花剌子模。术赤之子昔班则得到了从乌拉尔一直延伸到额尔齐斯河上游的广阔领土作为他的封地。十四世纪初，昔班的后裔乌兹别克汗接受了伊斯兰教。一四二八年，其后裔阿不勒海尔汗成功地联合了整个地区的游牧部落，正式成立了乌兹别克汗国，并开始南侵帖木儿帝国，占领了锡尔河流域及花剌子模。其后，汗国中有两位亦是出自术赤后裔的王子(克利和札你别)，他们率领相当多的部族，从汗国中分裂了出来，并采用了哈萨克人这个称号。一四六八年，哈萨克人与乌兹别克人进行了一场大战，杀死了阿不勒海尔汗和他的儿子。一五○○年，乌兹别克人在阿不勒海尔的孙子昔班尼的领导下东山再起，占领了河中地区、布哈拉和撒马尔罕，在帖木儿帝国废墟上建立了一个强大的乌兹别克汗国。