1755年清朝军队灭亡了准噶尔部，统一了新疆。不久，阿帕克和卓的后人大、小和卓在南疆发动反清叛乱，1759年被清军镇压。1820年至1828年，大和卓的孙子张格尔曾几次从中亚浩罕国窜回南疆，策动叛乱。1865年，张格尔之子布素鲁克又伙同浩罕军官阿古柏攻入南疆，曾一度占领新疆大部。1878年，左宗棠从阿古柏手中收复了新疆。

维吾尔族居住的新疆地区从公元前60年就已成为中国的一部分。早在公元前138年，汉武帝就派张骞出使西域，开始了新疆地区与内地的联系。当时，在天山以北及蒙古草原上生活的是匈奴人，他们建立的游牧政权经常对西汉中央政权进行骚扰，威胁到西汉边疆的稳定。为此，西汉中央王朝多次派兵，联合西域各国，展开对匈奴的军事征服。到公元前60年，匈奴的日逐王被迫降汉，西汉在吐鲁番设立西域都护府，管理天山南北各地，从此西域统一于中央政府。此后，无论中原政局动荡与否，天山南北始终是中国的一个组成部分，受中央政府的管辖。

清政府统一新疆后，于1762年10月设立伊犁将军府，在新疆实行以伊犁将军为首的军事统治。伊犁将军对于新疆不同地区和不同民族，又分别实行不同的统治制度。在北疆实行的是扎萨克制度，在东疆汉人较多的地区实行郡县制度，在南疆维吾尔族大部分地区沿袭原有的伯克制度，但取消了伯克的世袭制。1882年沙俄被迫归还中国伊犁地区以后，清朝政府于1884年在新疆建省。

自西汉以后的2000多年来，中国历代的官私文书均将天山南北及其以西的地区称为“西域”。1755年清政府统一天山南北以后，对这一地区曾以西域、西疆、西陲、新疆等数个名称并用。新疆建省以后，只使用“新疆”一名，而不再使用其他名称。清政府之所以改“西域”为“新疆”，有以下原因：一方面，到乾隆皇帝时期（1736-1795年），清政府的政令终于可以通行于全中国，完成了清朝前期几代皇帝统一中国的任务。乾隆皇帝为此十分自负，将由自己最后确立清政府统治的地区称作“新疆”，当时被清政府称为"新疆"的地区还有云南乌蒙地区，贵州黔东南古州一带、安顺与钛宁附近，四川大渡河上游的大、小金川地区。清政府平定准噶尔部的叛乱以后，也将古称西域的天山南北地区称为"新疆"。另一方面，左宗棠从阿古柏手中收复新疆，从沙俄手中收复伊犁地区以后，力主在新疆建省，他在奏折中写道：“他族逼处，故土新归”。以新疆为省名，表达了一种新的意思，即新疆自古以来是中国的领土，由于新从阿古柏手中收复，具有"故土新归"之意，这包含了收复失地的爱国将士对这片土地的感情。

（据:郝文明、王铁志主编之国家民委民族问题研究中心专著《中国民族》，中央民族大学出版社，2001年3月版。）