顺治在明清两代28位皇帝中，是一位尊崇耶稣会士、笃信佛教的皇帝。大体说来，顺治亲政后，前7年间汤若望耶稣会士势力影响较大些，后4年间佛教和尚势力影响较大些。

顺治帝尊崇耶稣会士，是受汤若望的影响。汤若望（Joannes Adam Schall vonBell），耶稣会士，德国人，明崇祯年间被征参与天文推算，设馆于现在的北京宣武门内南堂。明亡清兴，北京内城原居住民要迁往外城。汤若望以馆内藏经、像为由，上书请求缓迁。他意外地得到谕准的满文谕告，贴在堂门，得以免迁。顺治元年（1644年），受命修正历法。新历法称《时宪历》，修成颁行。他因此得了太常寺少卿衔，成了清朝的命官，开创了西洋传教士掌管钦天监的先例。

顺治帝亲政后，汤若望不仅给皇太后治好了病，还给顺治的未婚皇后博尔济吉特氏治好了病。孝庄皇太后非常感谢他，请他参加顺治皇帝的大婚典礼。皇太后尊汤若望为义父，顺治尊称他为“玛法”（满语“爷爷”的意思）。皇太后还将汤若望赠给她的十字圣牌挂在胸前。此后，顺治一方面向汤若望请教天文、历法、宗教等学问，另一方面向他请教治国之策。在顺治十三、十四年间，顺治曾24次亲访汤若望的馆舍，长时间晤谈。汤若望也没有辜负太后和皇帝的信任，“睹时政之得失，必手疏以秘陈”，先后向顺治呈递了300多件奏帖，陈述自己的建议和见解，其中许多谏言被顺治帝采纳。顺治很喜欢汤若望平易近人的作风，语言慈祥的奏疏。他对朝廷大臣说，汤若望对国君的爱是真诚的，不像有的大臣讨好国君是为了得到功名利禄。

顺治同汤若望的交往日益密切，以至超出君臣关系。顺治允许汤若望随时进入内廷，他也常到宣武门内汤若望的住所研讨学问，参观书房，游览花园，共进便餐。顺治19岁的生日，是在汤若望的家里度过的。他们欢洽之情，如同家人父子。顺治因为宠信汤若望，给他封了许多职爵：先加太仆寺卿，不久改太常寺卿。顺治十一年（1654年）赐号“通玄教师”。后又加封通政使，晋光禄大夫，升正一品。

汤若望想使顺治皈依天主教，但因他已信佛教，而没有受洗。顺治帝病危时，议立嗣君。顺治因皇子年龄太小（长子牛钮已殇、次子福全9岁、三子玄烨8岁），想立皇弟；皇太后想立皇三子玄烨，征询汤若望的意见。汤若望以玄烨出过天花（可终生免疫），支持皇太后的意见。顺治帝便一言而定玄烨继承皇位。史书说汤若望“直陈万世之大计”。陈垣先生评价说：“吾尝谓汤若望之于清世祖，犹魏征之于唐太宗。”

但在顺治帝死后，汤若望被杨光先诬告而下狱。康熙帝亲政后，给汤若望平反。因原封号“通玄教师”的“玄”字为康熙帝名讳，而改封为“通微教师”。关于这件事，将在下文详述。汤若望的墓在今北京市车公庄大街6号院内。