八旗内部的权力之争是极端残酷，而又极其复杂的。皇太极即汗位的第二天，为了控制政局，稳定人心，他亲率代善等大小贝勒十四人向天地发誓说："皇太极谨告于皇天后土，今我诸兄弟子侄。以家国人民之重推我为君。敬绍皇考之业，钦承皇考之心。我若不敬兄长，不爱子弟，不行正道，明知非义之事而故为之，兄弟子侄微有过愆，遂削夺皇考所予户口，或贬或诛，天地鉴谴，夺其寿算。"(《清实录》)接着，代善、阿敏、莽古尔泰三个大贝勒和阿巴泰、德格类、济尔哈朗、阿济格、多尔衮、多铎、杜度、岳托、硕托、萨哈廉和豪格等诸贝勒也都对天发了誓。当时，皇太极又向三大贝勒行三拜大礼，宣称以后对他们不以臣礼相待，而以兄礼事之，规定四人同时面南而坐受朝，共听国政。但是，随着封建制的发展，需要的是政权的高度集中，为此，皇太极即位后不久，又一反常态，改这种四人同时面南而坐受朝的朝仪制度，为他一人面南正中而坐受朝，三大贝勒与其他贝勒一样分立两厢，这个变化进一步突出了皇太极的汗王地位。

皇太极为了加强皇权，巩固自己的统治地位，还把矛头直接指向了能与他抗衡的三大贝勒。首先，创建旗务大臣制度。八旗中的各旗都设总管旗务大臣一人，称总管旗务八大臣(又称八固山额真)。总管旗务大臣有权总理本旗一切事务，并与诸贝勒一起参预议政国事，"出猎行师，议定启奏，各领本旗兵行，凡国中大小事，皆听稽查。"(蒋良骐《东华录》)另外，每旗再设佐管旗务大臣二人(八旗共十六人)，"佐理国政，审断狱讼"(同上)，不出兵驻防。若出兵驻防时，每旗再增设调遣大臣二人(八旗共十六人)，"以时调遣，仍审理词讼"(同上)。这些官职的增设，使各旗旗主诸王贝勒的权力分散，削弱了他们在本旗中所享有的操纵一切的特权，从而保证了皇太极的集权统治。其次，废除四大贝勒按月分值制度。早在天命六年二月，努尔哈赤就命代善、阿敏、莽古尔泰和皇太极四个大贝勒按月轮流分值，国中一切机务，均由值月贝勒掌理。皇太极即位以后，仍照常实行这种制度，直到天聪三年，皇太极以"向因值月之故，一切机务辄烦诸兄经理"，负担太重为由，正式宣布废除这个制度，一切军国政务，"嗣后可令弟侄辈代之"。这样名义上是减轻诸兄的负担，而实际上这些弟侄辈遇事当然不敢做主，必然均由皇太极一人处理和裁决。从此就彻底解除了三大贝勒掌理国中机务的权力，大权都榘中到皇太极一人之手。

天聪四年五月，三大贝勒中的阿敏，因擅自放弃永平、滦州、迁安和遵化四城的守卫，获罪被幽禁而死；莽古尔泰在天聪五年的大凌河之役中，与皇太极争役于城西山冈，皇太极当众指责莽古尔泰所领军士"凡有差遣，每致违误"，莽古尔泰不服，认为皇太极"何独与我为难?我固承顺，乃犹欲杀我耶?"(《清史稿》)随抽刃出鞘，频目视之，后被他同母弟德格类推开。但终以御前持刀"大不敬"之罪，革去大贝勒而降为多罗贝勒，并剥夺五个牛录，罚银万两，后不久暴病而死，其所领的正蓝旗也归了皇太极。余下的代善，几经打击，被迫处于惟命是从的状态。至此，三大贝勒之名，实际上已不复存在了。这样，在短短十年左右的时间里，皇太极的汗位统治大大巩固了，从而也推动了后金政权的各项政治改革，促进了社会经济的发展。

随着后金势力的发展和对明战争的不断胜利，天聪九年又从元顺帝的后裔林丹汗的大妃--苏泰太后的手里得到了传国玉玺。随于天聪十年四月，皇太极认为时机已经成熟，决定将"大金"国号改为"大清"，年号改为"崇德"，并用"满洲"代替"女真"旗号。同时，皇太极在以代善为首的诸贝勒大臣的恭推之下，祭告天地，登上了大清皇帝的宝座，尊号为"宽温仁圣皇帝"。

皇太极改国号的做法，具有远大的战略思想。第一，历史上女真族建立的金朝，对汉族的掠夺和压迫是极其残酷的，废去"金"的国号和"女真"族号，正是为了避免刺激汉族人的历史回忆，减少民族抵触情绪；第二，朱姓建立的明朝，按汉族的传统说法，其中的"朱"、"明"两字，均含有"火"之意，按传统五行相克的说法，"火"正克的是"金"，这在明金争雄之际，于金不利，反之，将"金"改为"清"，而汉字的"清"及"满洲"诸字，均有"水"字旁，包含着"水"灭"火"之意。在封建社会中，这种迷信的观念是不可疏忽的大问题，皇太极可能也了解到这一点。同时，也进一步说明了皇太极有争夺明朝天下的充分信心和远大抱负。

清朝建立以后，皇太极顺应社会历史的发展，继续接受封建制度，其中一个突出的表现，就是政治制度，特别是官制方面的改革。

他建立和健全了一整套脱离原八旗制度的国家行政机构，仿照明朝封建制度的形式，继天聪五年创建六部之后，又于崇德元年改文馆为内阁形式的"内三院"，即内国史院、内秘书院和内弘文院等，又设都察院，特别注意吸收和利用汉族知识分子和士大夫参预政权，这些措施的实行，进一步加速了奴隶制向封建制的转化。

与此同时，皇太极也加强了宫闱制度的创建。在后金时期，后宫没建什么后妃制度，汗王的妻室，"但循国俗称福晋。福晋盖可敦之转音，史述后妃，后人缘饰名之，非当时本称也"(《清史稿》)。后金政权进入高度封建化的辽沈地区以后，特别是皇太极即位以后，受汉族文化的影响，开始注意宫闱制度的建设。天聪六年以前，皇太极曾立莽古思之女博尔济吉特氏(后来的谥号为孝端文皇后)为嫡福晋，日中宫大福晋；中宫大福晋的侄女博尔济吉特氏(后来谥号为孝庄文皇后)为西宫福晋，札鲁特蒙古代青贝勒之女为东宫福晋。这时的宫闱号位极为简单，也没有形成制度。1636年崇德改元时，由于封建化程度的加深，需要有一整套封建制度与之相适应，反映到宫廷内部，后妃制度的建立就是必然的了。所以，皇太极在改国号登上皇帝宝座的同时，就宣布册立中宫嫡福晋博尔济吉特氏为皇后，住清宁宫，称清宁中宫，在崇政殿行册立礼，她就是清代历史上以正式大礼册立的第一个皇后。同时受册封的还有东宫(关雎宫)宸妃、西宫(麟趾宫)贵妃、次东宫(衍庆宫)淑妃、次西宫(永福宫)庄妃(即顺治帝的生母，孝庄文皇后)，于是"五宫并建，位号即明，等威渐辨"(同上)，清代的后妃制度就这样初步建立起来了。

同时，宫廷除祭天、祭神、祭堂子之外，还仿照明朝宫廷建立了祭祀制度，在沈阳德盛门外修建了圜丘、太庙，在改元崇德即皇帝位时，皇太极举行了首次祀天典礼及亲享太庙仪式。朝会制度也做了初步规定，如元旦、万寿等节庆日，要陈设卤簿、进表、宣表、奏乐，大宴设乐舞。规定每月初五、十五、二十五日为常朝日，皇帝要御殿听政。各官谢恩仪式则规定：官员因升迁谢恩，行三跪九叩礼，赐银帛等物谢恩二跪六叩，赐食谢恩只一跪三叩。冠服制度，在天命年问已规定贝勒的朝服要有披领，以别于属下及百姓，后又规定只有君主才能穿黄袍、用五爪龙纹，并规定了各级官员的冠顶、补服的等级差别。