努尔哈赤生前的八旗旗主大致是：

正黄旗 (45牛录)和镶黄(20牛录)：努尔哈赤

正白旗 (25牛录)： 皇太极

镶白旗 (15牛录)：诸英之子杜度

正红旗 (25牛录)：代善

镶红旗 (26牛录)；代善长子岳托

正蓝旗 (21牛录)：莽古尔泰

镶蓝旗 (33牛录)：阿敏

努尔哈赤晚年将亲统的两黄旗的大部分各授于同母的三个幼子，阿济格，多尔衮，和多铎，每人15牛录，其余自己统帅做亲军，但他有个明确的指示就是：阿济格是镶黄旗旗主，多铎领正黄旗，将来自己死后统帅的亲军全给多铎，但另赐一旗给多尔衮。有的史学家认为这等於是明确立多尔衮作继承人的公开宣示。因为这种分配方案使得同母三兄弟的军事力量占有很大的优势，没有一个其他兄弟可以与他们相比，但反之，这也使得努尔哈赤其他的儿子们团结起来抗衡三兄弟。

努尔哈赤去世前不久已经把镶白旗旗主杜度调到镶红旗，准备以此旗给多尔衮。但还来不及做安排就去世了。他刚一咽气，几个大儿子们联合起来逼殉了三兄弟的生母大福晋，皇太极继位后乘机夺取了镶白旗，以自己的长子豪格作旗主。但多尔衮保住了所领的15牛录归附于阿济格的正黄旗下。满族以黄色为尊，皇太极就将原来的正黄旗和镶黄旗改旗号为镶白旗和正白旗，而他所领的两白旗就成了两黄旗。这样一来，阿济格领镶白旗，多铎领正白旗，加上努尔哈赤遗留的亲军，成为八旗中实力最强的一旗。而皇太极的两黄旗这时实力最小。

皇太极这时之所以不杀三兄弟，是因为他们虽然年幼但兵力最强，因为年幼没有太大威胁反而容易掌握笼络，并用来抵制另外三大贝勒。阿济格在三人中军功高脾气最直和莽撞而不易控制，於是皇太极在第二年以他擅自为幼弟说亲为名，废了阿济格的旗主，改由多尔衮领镶白旗。

以后皇太极采用策略先后废了阿敏和莽古尔泰，以听话的济尔哈朗代替阿敏掌镶蓝旗，莽古尔太暴毙后其同母弟德格勒领正蓝旗，德格勒又离奇暴毙，皇太极发动了莽德姐弟三人谋反案，吞并了正蓝旗，将正蓝旗和正黄旗混编后一分为二，组成新的正蓝和镶黄旗，由自己亲自统帅，从中还分出一部分牛录给豪格壮力，豪格的镶黄旗成了正蓝旗，改动结果还是新的镶黄旗实力最小。为了巩固地位，皇太极在崇德二年找岔子把多尔衮和多铎的两白旗混编，以多尔衮为正白旗旗主，多铎为镶白旗旗主，不过两白旗由於历史的渊源一直比较团结，实力是八旗的第二和第三。

皇太极死时，他和豪格加起来有117个牛录，是八旗第一大势力，多尔衮三兄弟则有98个牛录，排行第二，老代善的两红旗(其子岳托死，由代善领两红旗)和济尔哈朗的镶蓝旗则有96牛录是八旗的中间力量。从这里大家就可以看到为什么多尔衮不愿意为了皇位硬拼，豪格兵力占优，而且一向勇捍，多尔衮三兄弟虽然人数少些但作战力较强(努尔哈赤的嫡系部队，皇太极换来换去也没有换走太多)，但是济尔哈朗倒向豪格，代善虽然态度不明朗，也倾向于豪格多些。

但是豪格其实没有得到两黄旗和正蓝旗的全力支持，两黄旗有部分大臣亲多尔衮，并且又有些担心豪格继位后把蓝旗换成正黄旗。还有一点，就是后宫并不支持豪格，豪格非后宫五妃所出，而孝端后的意见两黄旗也要买帐。选举关键时刻老滑头代善和胆小鬼济尔哈朗始终态度不明，豪格原指望两人推举他，等来等去等不到，负气离开，给多尔衮抓住时机。

以后多尔衮打击豪格势力，吞并了正蓝旗，和自己的正白旗混编成新的正白和镶白旗，原来的镶白旗在多铎死后改为正蓝旗由多铎长子多尼领旗。多尔衮死后，其养子多尔博领两白旗。顺治亲政，清算多尔衮，夺其嗣令多尔博归宗，这样正白旗就归了顺治，和两黄旗一起抬为上三旗。镶白旗则还给了豪格的长子。

这样由於上述历史，形成了八旗的排序：正黄，镶黄，正白，正蓝，镶白，正红，镶红，镶蓝。这时的正黄旗早已不是努尔哈赤的亲军了。

关于努尔哈赤生前一年和死时，八旗旗主的身份之所以扑朔迷离，是皇太极和他的继承人们在史上搞鬼作手脚，来证明皇太极得位之正，这同皇太极千方百计要显出他的生母曾被立为大福晋而他是嫡出的出发点是一样的。他们做手脚的成果是显著的，现在绝大多数学者和大众认为皇太极是皇后大福晋所出，而事实上根据近年的考据，他的生母叶赫那拉氏到死还是侧妃，这也是皇太极陷害莽古尔泰兄妹栽赃他们谋逆案的原因之一，因为当时他们的生母富察氏衮代大福晋占据了正妃的位 子，使得皇太极拥有的是庶出而不是嫡出的身份因此而宿怨很深 。

首先可以肯定的事是，皇太极在努尔哈赤生前只领正白旗，而且是实力相对较弱，只有18个牛录。代善领有两红旗共51个牛录，其中镶红旗(26牛录)是其长子岳托领旗。正蓝旗旗主是莽古尔泰，镶蓝旗旗主是阿敏。所以他们又称四大贝勒，就是旗主贝勒-固山额真。当时两黄旗是努尔哈赤亲将的，但正史上说是皇太极领的，这么写的目的就是为了突出皇太极是努尔哈赤生前就属意的继承人，但事实上努尔哈赤死前并未立太子，而传说中以及朝鲜国史书上所载的死前指定多尔衮为继承人代善辅政也并非空穴来风。

其次阿济格领的是镶黄旗，这个旗主身份是努尔哈赤生前定的。

努尔哈赤在宁远战败后，就以未分家子可以分享父亲财产的名义，将名下两黄旗的牛录分为四份，阿济格，多尔衮和多铎各领十五牛录，努尔哈赤自己仅领二十牛录，将他的三个幼子同时上升为旗主贝勒，与四大贝勒身份并列。

这里有个疑问，就是努尔哈赤到底是指派哪几个旗给幼子们，多尔衮是不是全旗之主。普遍的说法是多尔衮在努尔哈赤生前并不是旗主，因而不是最受宠爱的，也就没有可能让努尔哈赤死前传位给他。但是其实这里疑云重重。为什么会这么说呢？因为代善在天聪年间有句原话说：阿济格，多尔衮和多铎在父汗身前就是旗主贝勒。代善的身份，地位和为人应该是言之凿凿的，那么这样就和正史记载有出入了。到底事实是怎么样呢，这里分析起来有点象绕口令一样麻烦。

有一样先决事实经学术界确定，(一位知名学者根据天命，天聪年间两黄，两白旗大臣的职 位旗色的变化分析得出令人信服的结论，由叽哩咕噜的满名太复杂，就不一一列举了)，皇太极继位后，因为满人以黄色为尊，但是换旗在操作上不可能，其他三大贝勒也不会答应，(因为两黄旗最为精锐，皇太极如收归所有，必定遭来其他大贝勒的反对，并要分一杯羹) ，所以改换旗色，把正黄旗改镶白旗，镶黄旗改正白旗。造成原两黄旗人马实际政治地位以及即得利益的急剧下降，这也就是皇太极死 后继位之争和两黄两白旗长期不和的根由。

关于旗主的分配，努尔哈赤在天命十一年指定由时阿济格领镶黄旗，多铎领正黄旗，并将另赐一旗给多尔衮。努尔哈赤死后，原来的两黄旗被皇太 极削夺旗号后，阿济格就 镶白旗旗主，多铎就是正白旗旗主。而努尔哈赤生前将镶白旗旗主杜度调入镶红旗，就是打算让多尔衮来领镶白旗的。可是他来不及正式安排就去世，镶白旗便被继承汗位的皇太极夺去，改为正黄旗。皇太极原来的正白旗成为镶黄旗由其长子豪格代领。

在天聪二年，皇太极以阿济格擅自为多铎说亲为由--当时多铎要娶的并不是玉玲珑中的孝端的小妹妹，而是阿巴亥的亲弟弟，三兄弟的亲舅舅，阿巴泰的女儿，多铎的亲表姐。阿巴泰是努尔哈赤时期地位很高且相当能干的大臣，但皇太极继位后对他不断打击迫害，地位在当时已经只不过是芝麻官了，但 是皇太极显然是不愿意多铎和他舅舅亲上加亲，结为儿女亲家的，有了这个能干的舅舅为当时而年幼的三兄弟出主意，对皇太极是个威胁-- 剥夺了阿济格旗主贝勒的身份，改由多尔衮领镶白旗。

阿济格虽然失去了旗主的身份，但是还是领有十五个牛录，算是实力较强的贝勒。他先是依托于多尔衮的镶白旗，后来由于他的战功，作为酬劳，也为了分化代善一支在两红旗的势力让他与岳托合领镶红旗，但严格说，阿济格并不是一旗之主。

到了崇德二年，皇太极为了分化两白旗的势力，让两白旗混编，多尔衮改领正白旗，多铎改领镶白旗。但是由於历史渊源，两白旗一向比较团结，这次的混编并没有达到皇太极预期的分化目的。

有一点可以看出，皇太极和他的后人，一直在皇太极的继位问题上以及多尔衮在天命天聪年间的地位问题上搞花样，其目的是突出皇太极得位之正还有多尔衮在天命年间努尔哈赤生前地位并不突出是在天聪崇德年间由于皇太极对他的刻意栽培，地位才越来越显赫的。就这个问题上，多尔衮的身份都是个谜，看得出人为造史的痕迹，更何况是其他事情了，这也就是在历史上多尔衮始终是个谜，是个传奇，是个行事作为性格都有巨大矛盾的历史人物的根本原因之一。