明清时期，随着封建专制主义的强化，佛道两教虽然也受到某些皇帝的青睐，但总的趋势走向衰微。为了加强对僧尼道冠的控制，建立了远比前代更为细密周详的僧官制度，中央设僧录司、府设僧纲司、 州设僧正司、县设僧会司，分掌地方僧务。洪武年间，僧纲司和僧会司署分设于普照寺和资福寺（今泰安师范西院）。为了加强对道冠的控制，京师设道录司、府设道纪司、州设道正司、县设道会司，司署分设于岱庙和岱顶碧霞祠，为本地道教中心。

洪武三年（1370），取消“天齐大生仁圣帝”的封号，改称“东岳泰山之神”，恢复山神的本来面貌。祭祀泰山神的活动，由帝王逐渐普及到民间，东岳大帝也逐渐被碧霞元君取代。乾隆三十五年（1770）《重修岱庙碑记》概述了封禅制的这种嬗变：“盖由柴望一变

为封禅，由封禅再变为神仙”。以碧霞元君为代表的神仙道教，在泰山得到空前的发展，泰山成为碧霞元君的祖庭。

随着封建专制制度的强化，从北开始的三教融合也进一步深化。清初临济宗代表人物木陈的再传弟子元玉，住持普照寺数十年。元玉认为：“忠臣孝子之心即佛心也 ”。他自称：（元玉）“虽己为佛氏之徒，然不能轻忘孔氏之道，以为诸道之根本指归”。（《泰山石堂老人文集》）元玉起床后烧三瓣晨香。第一瓣香不是敬佛祖，而是祝皇上万寿无疆。这也从一个侧面反映出三教融合的趋势。

由于三教融合的深化，三教之间你中有我，我中有你。而且与宗教之间的界限也愈来愈模糊，共性愈来愈多。明清时活跃在泰山的民间宗教，它们吸收了各大教的神祇和民间崇拜的对象，仪式简单，其活动多呈秘密状态。它们的名称虽然五花八门，但在信仰上都不出三教的范围，只是侧重点有所不同。例如，嘉靖年间创立大成教，到咸丰末张积中继承此教，在泰山东麓黄崖山结寨讲学，讲授《周易》、《中庸》等儒家经典，同时参附道教的《 参同契 》、《道藏大全》等书（《山东军兴纪略》卷21），有时也援引释典，明显地看出这一派是“三教合一”的。张积中后来被清军剿死于黄崖山中。