佛教文化进入南岳比道家约迟两百多年，最早到达南岳的惠海、希遁，是在梁·天监年（502~519）间，随后慧思则于陈光·大二年（568）来岳。慧思传弟子智，以后传至章安灌顶，法华天宫，荆溪湛然，形成天台宗（亦名法华宗）。南岳慧思，被尊为天台三祖，智为四祖。此宗学说，远传日本，流布甚广。

南禅六祖惠能，则于广东曹溪传法，衍为来南岳的佛家最重要宗派。惠能传法两支：一称南岳；一称青原。南岳代表人物为南禅七祖怀让，住南岳般若寺（今福严寺），开宗受徒，传马祖道一后再先后传承，开成沩仰、监济两宗。青原代表行思，行思传南岳石头希迁。希迁住南岳南台寺，辗转传法药山、云岩、洞山、曹山而成曹洞宗。另传文偃、文益，则分别形成云门、法眼宗。南岳怀让两宗（沩仰、临济），青原行思（石头之师）三宗（曹洞、云门、法眼）合为五宗，佛教史上称之为“一花五叶”。以后，监济六世孙石霜园禅师，又分杨歧、黄龙，故亦称“五叶七宗”。

以南岳为中心，禅宗传承弟子遍天下，远至日本、朝鲜。禅宗文化实为南岳佛教文化文体。其后净土宗承远、日晤、法照，律宗惠开，华严宗惟劲等陆续南来，佛法更宏，佛家文化更盛。王夫之《南岳赋》有“其蠖伏而鸾举也，盖不给于更数。光参帝网，威震毒鼓。位栋君臣，更兼宾主。俨华藏之庄严，尚何论于双树。”就是写的南岳佛家发展的盛况。僧徒中不少人隐居（“蠖伏”）南岳，一旦法动帝王，贵为国师（鸾举），位极公卿，影响天下。自南北朝至唐代，南岳惠海、慧思、智、大善、法照、惠成、大明（惠开）等18僧人，被誉为南岳18高僧。他辈如慧思、智法照诸僧，先后分别当上了梁、隋、唐几代帝王的国师，备受崇信。不少僧人，受帝王封谥：如慧思谥园慧妙胜禅师；怀让谥大慧禅师、观音大师；道一谥大寂禅师；希迁谥无际禅师；唯劲谥宝闻大师等。

朝廷大吏，墨客诗人，与南岳僧人交往，赋诗论道，历代不绝，唐朝尤盛。李泌隐居南岳时，因食懒残煨芋而位至宰相的神话传说至今。宰相齐映、赵憬，尚书曹王皋、裴胃，侍郎令狐垣等均与大明和尚为师友。柳宗元则为大明和尚、弥陀和尚、般舟和尚、法证和尚及希操和尚等人作碑铭。而唐代诗人温庭筠、刘禹锡、吕温、裴说、刘昭禹、任华、刘长卿，宋代黄庭坚、陶谷、张孝祥、赵逢、许仲宣，明代罗洪先、顾、谭元春均有诗赠南岳僧或寺。宋代朱熹、张栻，明代湛甘泉、王阳明、罗洗先、邹东廊诸家的理学，亦在不少地方融合了玄学与佛学宗旨及其经论。湛甘泉的《心性图说》与《息存箴》，尤为明显。儒、释、道三家的学说几乎是互相渗透统一而形成了南岳特有的文化。

南岳禅宗主张“顿悟”，所谓“心即是佛。”而摒弃苦行潜修与经院式烦琐哲学的作法。所以禅宗的主张极容易为人所接受、修持，而使整个宗派得以发扬光大，教徒遍天下。监济、曹洞两宗且有所谓“临济临天下，曹洞曹半天”之称。清末日本僧人梅晓曾向南台寺赠《大藏经》一部，梅晓即系曹洞42世宗徒。这几年来尚有不少日本曹洞、天台等宗的僧徒访问南岳，来南台寺、福严寺礼祖寻根。南台寺侧，今尚有石刻“天下法源”，福严寺山门，则刻有“天下法院”这八个字，反映出南岳佛家文化当年盛况。

南岳禅宗主张“顿悟”，亦表现在对世俗之学、世俗之行能采取灵活的态度。抗日战争期间，南岳僧众在巨赞、暮笳、宝生、空也等法师的率领下，参加了周恩来、叶剑英、田汉等人所领导的抗日救亡活动，组织《佛道救难协会》，出版刊物，发表宣言，慷慨投入民族救亡的神圣斗争，即是证明。这种离开世俗而又不脱离世俗，修持而又不专事修持，有相而又无相的矛盾统一的禅宗特色，也是南岳禅宗文化得到发展的极重要原因。因而法藏鼎，寺庙林立，大有72峰峦僧占多之慨。《南岳赋》所谓“金碧璀璨，安堵穹崇。比岫联香，接宇闻钟。花雨成蹊，白云在封。”可以想到历史上南岳僧寺建筑的那种崇楼叠阁，富丽堂皇。而它们的建筑艺术与绮丽的山川相结合，也同样熔入南岳所特有的文化里。据李元度《南岳志》资料，南岳历代僧寺约有150座，比道观有五、六倍，可见其盛。

几经战乱，南岳寺庙至今尚存12处，目前对外开放的有祝圣、福严、南台、上封、藏经殿等5处，且曾先后举行开光法会和传戒盛会、学术研讨会，规模盛大，活动频繁。